Poli (ADP-riboz) polimeraz 2 (PARP2), DNA hasarının onarımı ve genom bütünlüğünün korunmasında önemli rol oynayan bir enzimdir. İnsanlarda PARP2 geni, 14. kromozom üzerinde bulunur ve 66.206 kDa moleküler ağırlığa sahip bir protein üretir. PARP2, PARP1 ile birlikte hücresel poli (ADP-riboz)ilasyonun büyük bir kısmından sorumludur ve bu iki enzim arasında güçlü bir yapısal ve fonksiyonel benzerlik vardır. Her iki enzim de DNA hasarına yanıt olarak aktive olur ve proteinlere ADP-riboz ekleyerek DNA onarım süreçlerini düzenler. Ancak, son yıllarda yapılan çalışmalar, PARP2'nin PARP1'den ayrı spesifik işlevleri olduğunu ortaya koymuştur. PARP2'nin ekspresyonu, merkezi sinir sisteminde, özellikle neokortekste yüksek düzeydedir. Ayrıca, PARP2'nin transkripsiyonu N-MYC tarafından indüklenebilir ve mikroRNA'lar tarafından modüle edilebilir. PARP2, DNA hasarının tanınması ve onarımı süreçlerinde önemli bir rol oynar. Özellikle, baz eksizyon onarımı (BER) yolunda PARP1 ve ...

Aşk, insanlık tarihi boyunca şairlerden filozoflara, sanatçılardan bilim insanlarına kadar birçok kişinin ilgisini çeken büyüleyici bir kavram olmuştur. Ancak aşk yalnızca duygusal veya ruhsal bir olgu değil, aynı zamanda biyolojik bir süreçtir. Beynimizde ve vücudumuzda aşkın nasıl şekillendiğini anlamak, onun gücünü ve etkisini daha iyi kavramamıza yardımcı olabilir. Bu yazıda, aşkın biyolojik temellerini keşfedecek, hormonlardan sinirsel süreçlere kadar aşkın bedenimizde nasıl bir yolculuğa çıktığını inceleyeceğiz. Aşkın Kimyasal Temelleri Aşkın biyolojisini anlamak için öncelikle onun kimyasal altyapısını bilmek gerekir. Beynimiz, aşkın farklı evrelerinde çeşitli kimyasallar salgılar. Bunlar arasında dopamin, oksitosin, serotonin, vazopressin ve noradrenalin gibi nörotransmitterler yer alır. Her biri aşkın farklı yönlerini yönetir ve hissettiğimiz duygulara şekil verir. Dopamin: Mutluluk ve Bağımlılık Dopamin, ödül ve haz mekanizmalarını yöneten bir nörotransmitterdir. Aşık olduğum...

  Sentetik biyoloji, biyolojinin evrimsel süreçlerinin daha derinlemesine anlaşılmasını sağlayan ve aynı zamanda biyolojik sistemlerin yeniden tasarlanmasını amaçlayan bir bilim dalıdır. Bu alandaki gelişmeler, genetik mühendislik ve biyoteknoloji uygulamalarının sınırlarını zorlamakta ve potansiyel olarak hayatımızı köklü bir şekilde değiştirecek çözümler sunmaktadır. Bu yazıda, sentetik biyolojiyi keşfedecek ve bu alanın gelecekteki uygulamalarını inceleyeceğiz. Sentetik Biyoloji Nedir? Sentetik biyoloji, biyolojik organizmaların yapısını ve işleyişini yeniden tasarlama ve mühendislik uygulamaları ile biyolojik sistemleri değiştirmeyi hedefleyen bir bilim dalıdır. Bu alandaki çalışmalar, doğal biyolojik sistemleri anlamanın ötesine geçerek, mühendislik prensiplerine dayalı olarak genetik materyalin tasarlanması, sentezlenmesi ve organizmaların bu yeni genetik materyal ile modifiye edilmesi süreçlerini içerir. Bu disiplinde, biyolojik sistemler, genetik mühendislik yöntemleri ile ...

  Makine öğrenimi ( Machine Learning, ML ), modern bilim ve teknoloji dünyasında devrim yaratmaya devam eden bir alan olarak karşımıza çıkıyor. Moleküler biyoloji ve genetik gibi karmaşık veri yükünü barındıran disiplinlerde, makine öğrenimi algoritmaları büyük bir potansiyel sunuyor. Bu yazı serisinin ilk bölümünde, makine öğreniminin temel kavramlarına ve moleküler biyoloji ile genetikteki uygulamalarına odaklanacağız. Makine Öğrenimi Nedir? Makine öğrenimi, bilgisayar sistemlerinin insanlar tarafından açıkça programlanmadan verilerden öğrenmesini sağlayan bir yapay zeka alt dalıdır. Geleneksel yazılım modelleri, kesin kurallar üzerine kurulur ve belli durumlarda sabit çıktılar üretir. Buna karşın, makine öğrenimi algoritmaları verilerden öğrenerek yeni durumlar için tahminler yapabilir. Bu özellik, biyolojik ve genetik verilerin karmaşıklığı ile başa çıkmak için son derece faydalıdır. Temel Kavramlar Makine öğrenimi algoritmaları genelde üç ana kategoriye ayrılır: 1. Denetimli...

Biyoinformatik, modern biyolojinin vazgeçilmez bir parçası haline gelmiştir. Bu alanda geliştirilen araçlar, biyolojik verilerin analizini hızlandırarak, bilim insanlarının kompleks biyolojik sorulara yanıt bulmasına yardımcı olur. Bu yazıda, protein-protein etkileşimlerini analiz etmek için en çok kullanılan biyoinformatik araçlardan biri olan STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) hakkında kapsamlı bir inceleme sunulacaktır.  STRING Nedir?  STRING, protein-protein etkileşimlerini tahmin etmek ve görselleştirmek için tasarlanmış bir biyoinformatik veritabanı ve analiz aracıdır. İlk kez 2003 yılında yayınlanan STRING, hem deneysel verilere dayalı hem de öngörü algoritmalarıyla desteklenen etkileşimleri sunar. Veritabanı, çeşitli organizmalara ait milyonlarca proteini kapsar ve bu proteinlerin fonksiyonel ağ yapısını anlamaya yönelik çözümler sunar.  STRING'in Temel Özellikleri  STRING, hem fiziksel hem de fonksiyonel protein-protein etki...