Loading

Poliakrilamit Jel Elektroforezi (PAGE)

PAGE RNA numuneleri için güçlü bir araçtır.Poliakrilamit jel elektroforezi sonrası denatüre edildekten sonra RNA hakkında bilgi sağlamaktadır. 

Poliakrilamit jel elektroforezi bir dizileme deneyinde ortaya çıkan sonlanmış zincir DNA molekül ailelerini incelemek için kullanılmaktadır. Agaroz jel elektroforezi sadece bir nükleotit boyu farklı tek iplikli DNA moleküllerini ayırmak için ihtiyaç duyulan ayrıştırma gücüne sahip olmadığından bu amaçla kullanılamaz. Poliakrilamit jeller agaroz jellerden daha küçük por büyüklüğüne sahiptir ve 10 ila 1500 bç arası moleküllerin hassas ölçüde DNA ayrımları gerektiren, örneğin sadece iki veya üç baz çiftiyle büyüklüğü değişebilen farklı alel ürünleri olan mikrosatellit lokuslarına yönelik PCR' larda amplifikasyon ürünlerinin incelenmesinde de kullanılmaktadır. Poliakrilamit jeller aralayıcılarla ayrı tutulan iki cam levha arasında tabakalar veya kapiler elektroforez için uygun uzun ince kolonlar şekilde hazırlanabilmektedir. 

                                            Şekil 1: SDS-PAGE örneği. soldaki marker'lar

Bir polakrilamit jel, akrilamit (CH2=CH-CO-NH2) monomerlerinin, yaygın olarak "bis" olarak adlandırlan N,N' -metilenbisakrilamit birimiyle (CH2=CH-CO-NH-CH2-NH-CO-CH=CH2)çapraz bağlı zincirlerini içermektedir.jelin por büyüklüğü em monomerlerin (akrilamit+bis) toplam konsantrasyonlarıyla  ve hem de akrilamit ile bis oranıyla belirlenmektedir. DNA dizilemesi için kullanılan bir 1mm kalınlığında jel tabakasında 100 ila 750nükleotit arası uzunlukta tek iplikli DNA moleküllerinin ayrılmasına olanak sağladığı için 19:1 akrilamit : bis oranında %6'lık  jel kullanılmaktadır. Yaklaşık 650 nükleotitlik dizi bu şekilde tek bir jelden okunmaktadır. Jel konsantrasyonu, primere daha yakın dizi okuması için %8' e çıkarılabilmektedir. Daha büyük dizi okumak için %4 e düşürülmektedir. Akrilamit: bis çözeltisinin polimerizasyonu amonyum persülfat tarafından başlatılır ve TEMED (N,N,N,'N'-tetrametiletilendiamin) tarafından katalizlenir. Dizileme jeli zincir -sonlanma moleküllerinde oluşan iplikçi baz eşleşmesini önleyen bir denatüre edici üre de içermektedir. Bu önemli çünkü baz eşleşmesinden kaynaklanan konformasyondaki değişim tek iplikli bir molekülün göç oranını değiştirmektedir. Böylece DNA dizisinin okunması için kritik olan bir molekülğn uzunluğu ve bant konumu arasındaki mutlak denge kaybolmaktadır. 

Kaynak

1. Petrov, Alexey; Tsa, Albet; Puglisi, Joseph D. (1 Ocak 2013). "Analysis of RNA by Analytical Polyacrylamide Gel Electrophoresis". Methods in Enzymology. Cilt 530:  301-313. 

2. https://images.app.goo.gl/8RGFgUL16jieSErD6

Yorumlar

Yorum Gönder

ΔΔCt Hesaplama

ΔΔCt Hesaplama











ΔΔCt Sonucu:

Bu blogdaki popüler yayınlar

MİTOKONDRİ’NİN GENOMU ve GÖREVLERİ

Resim
 Rabia YALÇIN  - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Haliç Üniversitesi Mitokondri, tüm ökaryot hücrelerde yer alan ve hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonlar için gerekli enerjiyi sağlayan, sitoplazmada bulunan bir organeldir. Mitokondriler oval görünümlü, yaklaşık 1 µM uzunluğa ve 0,5 µM ene sahiptirler. Enerjiyi, hücrenin sitoplazmasındaki besin maddelerinden ve oksijenden sağlamaktadırlar. Oksidatif fosforilasyonun merkezidir. Mitokondri’nin yapısını incelediğimizde çift katlı iç ve dış membranı, zarlar arası boşluk, DNA, matrixler, ribozomlardan ve kristalardan oluşmaktadır. Bir hücre içerisinde yüzlerce, binlerce mitokondri bulunabilir ve şekil, büyüklük olarak farklılık göstermektedir. Birkaç yüz mikron çapında küresel yapıda ya da birkaç mikron çapında ipliksi görünümde olabilmektedirler. Bütün mitokondri’lerin içerisinde 2-10 arasında değişen mitokondriyal DNA bulunmaktadır. Fakat bu değişkenlik türden türe, kişiye, dokuya göre değişmektedir. İnsanlarda 16 kb, bitkilerde ise 5
Devamı

Soy Ağaçları

Resim
  Doğa Bahçeci - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Doğu Akdeniz Üniversitesi, Kıbrıs Tanımı               Soy ağaçları biyolojide belirli semboller ile aile geçmişini anlatan diyagramlardır. Bir soyağacı, aile üyeleri arasındaki ilişkileri gösterir ve bir aile içinde hangi bireylerin belirli genetik patojenik varyantlara, özelliklere ve hastalıklara sahip olduğunu ve ayrıca yaşamsal durumu gösterir. Bir aile içindeki hastalık kalıtım kalıplarını belirlemek için bir soyağacı kullanılabilir [1].               Bir özelliğin kalıtsal olup olmadığını belirlemek için genellikle en az üç nesil soy ağacına dahil edilir. Bu bilgiyi kullanarak, belirli bir bireyin bu özelliğe sahip olma veya çocuklarına aktarma şansını söyleyebiliriz. Bir soyağacına bakıp anlayabilmemiz için soyağacı çizmenin standart yolları vardır [2].   Soy Ağacı İsimlendirmesi Şekil 1: Soy Ağacı Sembolleri [1].   Soy ağaçlarında erkekleri temsil etmek için kareler ve kadınları temsil etmek için daireler
Devamı

JAK-STAT Sinyal Yolağı

Resim
 JAK-STAT sinyal yolu, bir hücredeki proteinler arasındaki bir etkileşimler zinciridir ve bağışıklık, hücre bölünmesi, hücre ölümü ve tümör oluşumu gibi süreçlerde yer alır. Yol, bir hücrenin dışındaki kimyasal sinyallerden hücre çekirdeğine bilgi iletir, bu da transkripsiyon adı verilen bir süreç yoluyla genlerin aktivasyonu ile sonuçlanır. JAK-STAT sinyallemesinin üç anahtar parçası vardır: Janus kinazlar (JAK'ler), sinyal dönüştürücü ve transkripsiyon proteinlerinin (STAT'ler) aktivatörü ve reseptörler (kimyasal sinyalleri bağlayan). Bozulmuş JAK-STAT sinyali, cilt rahatsızlıkları, kanserler ve bağışıklık sistemini etkileyen bozukluklar gibi çeşitli hastalıklara yol açabilir. JAK'ların ve STAT'lerin Yapısı Dört JAK proteini vardır: JAK1, JAK2, JAK3 ve TYK2.[1] JAK'lar bir FERM alanı (yaklaşık 400 kalıntı), SH2 ile ilgili bir alan (yaklaşık 100 kalıntı), bir kinaz alanı (yaklaşık 250 kalıntı) ve bir psödokinaz alanı (yaklaşık 300 kalıntı) içerir. Kinaz alanı, JAK&
Devamı