Loading

PROTEOMİK

Protein Sentezinde Prokaryot ve Ökaryot Arasındaki Farklar 

İnsan genom projesi ile "Genom, Genomik, Proteom, Proteomik, Transkriptom, Transkriptomik " gibi terimlerle sık sık karşılaştık. Moleküler biyoloji ve genetik bölümünü okurken açıkçası en zorlandığım derslerden biride "Proteomik" ti üstelik ben bu dersi birinci sınıfın yaz döneminde iken üçüncü sınıf dersi olarak üstten almıştım. Bu süreçte zorlanmamakta kaçınılmazdı. Elimde gerekli notlar bulunmaktaydı. Ancak, tam olarak konuyu kavrayacak bir şekilde değildi. Ben de bu dersi tam anlamak adına ve ders hem prokaryot hem de ökaryotik hücre üzerinden işlendiği için ben de bu iki hücrenin protein sentezi aşamasında aralarındaki farkları çıkarmaya başladım. Sonuç olarak elbette işe yaradı üstten aldığım dersin finalinden yüksek bir puan alarak geçmiştim. Protein sentezinde prokaryot ve ökaryotik hücre farklılıkları ile ilgili çok detaylı bilgilendirici bir site vs. bulamadım. Bu notları tamamen kendim çıkarmış bulunmaktayım. Şimdi ise sizlerle paylaşmak istiyorum. Bilgi paylaştıkça güzeldir!

Proteomik

Proteinler birçok işlevsel özelliklere sahip olan canlı organizmaların hayati parçaları olmaktadır. Proteom üretilen ya da organizma Ya da sistem tarfından modifiye edilmektedir. Proteinlerinin tüm kümesi ya da topluluğudur. Proteomik bilimi artan saıda proteinin tanımlanmasını sağlanmıştır. Bu zamana ve bir hücrenin veya organizmanın maruz kaldığı farklı gereksinimlere veya streslere göre değişmektedir.[1] Proteomik bilimi, İnsan Genom Projesi de dahil olmak üzere çeşitli genom projelerinin genetik bilgilerinden büyük ölçüde yararlanan disipliner arası bir alan olmaktadır. Proteomların genel protein bileşimi, yapısı ve aktivitesi seviyesinden araştırılmasını kapsamaktadır. Ayrıca fonksiyonel genomikler'in önemli bir bileşenidir.[2]

                                                                   Proteomik yapısı[3]

PROKARYOTLAR

ÖKARYOTLAR

Gerekli enerjiyi GTP ‘den sağlar.

Gerekli enerjiyi ATP ‘den sağlar.

30S küçük alt birimi ,50S büyük alt birimi vardır.

40S küçük alt birimi ,60S büyük alt birimi vardır.

Sentezin başlaması için N-formilmetiyonin –tRNAmet  lazımdır.

Protein sentezi ternari kompleksi ile başlar .

16S rRNA’ nın 3’ucunda bulunan diziyle komplementerdir .Bu diziye  shine –dalgarno dizisi denir.

Shine-dalgarno dizisi yoktur. 5’uçtaki metinlenmiş cap  bölgesi vardır .

Formillenmiş amino asit taşıyan ilk TRNA’nın ribozoma girişi yardımcı faktörler tarafından kontol edilir.

·         Önce IF3, 30S ribozomal küçük alt birime bağlanır ve 30S ile 50S alt birimlerinin birleşmelerini önler

·         Bundan sonra bu komplekse mRNA ve  IF1 bağlanır.

·         IF1 küçük alt birimin kararlılığını sağlar.

·         IF2 ise protein sentezini baslatıcak olan komplekse ilk gelen tRNA’ya bağlanır ve onun başlatma kompleksine girişini kontrol eder.

·         30S alt birimi ve protein faktörlerinin

fMet-tRNAfMet  ve mRNA ile birleşmesi sonucu IF-3 30S alt biriminden ayrılır 30S ve 50S alt birimi birleşir.

 

Ökaryotlarda protein sentezi ternari kompleksinin oluşumu ile başlar.

·         Önce 5’ uçtaki metilenmiş cap bölgesini tanır.

·         Ribozoma küçük alt birim önce cap bölgesini tanımakta, sonra mRNA boyunca hareket etmektedir.,

·         eIF4 mRNa’nın 5’ cap bölgesini tanır.

·         eIF-4A mRNA’nın ilk 15 bazlık kısmında oluşan kıvrılmış kısımları düzgünleştirir.

·         eIF-4B mRNA’nın ilk  15 bazlıklık kısmı dışında kalan kısımları düzgünleştirir.

·         40S Ternari kompleksi, mRNA bu yollarla düzgünleştirldikten sonra eIF3 varlığında mRNA ile birleşir.

·         eIF3 doğrudan mRNA’ya bağlanır.

·         eIF3 ribozomal küçük alt birime bağlanırken eIF6 ribozomal büyük alt birimle bağlanır ve büyük alt birim başlatma kompleksine katıldıktan sonra oradan ayrılır.

·         Büyük alt birim başlatma kompleksine bağlanmadan önce eIF2 ve eIF3 buradan ayrılırlar.

·         Bunların buradan ayrılmasını eIF5 sağlar ve eIF5 bir GTPaz olup diger faktörleri serbestleştirme de görev yapar.

 

Kaynak

1.Anderson (1 Mart 2016). "Comprehensive Proteomic Analysis of Mesenchymal Stem Cell Exosomes Reveals Modulation of Angiogenesis via Nuclear Factor-KappaB Signaling". Stem Cells (İngilizce). 34 (3): 601-613.

2. Hood (13 Eylül 2013). "The human genome project: big science transforms biology and medicine". Genome Medicine (İngilizce). 5 (9): 79. 

3. https://images.app.goo.gl/1jG24Gb4iBkhco2b9

Yorumlar

Yorum Gönder

ΔΔCt Hesaplama

ΔΔCt Hesaplama











ΔΔCt Sonucu:

Bu blogdaki popüler yayınlar

MİTOKONDRİ’NİN GENOMU ve GÖREVLERİ

Resim
 Rabia YALÇIN  - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Haliç Üniversitesi Mitokondri, tüm ökaryot hücrelerde yer alan ve hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonlar için gerekli enerjiyi sağlayan, sitoplazmada bulunan bir organeldir. Mitokondriler oval görünümlü, yaklaşık 1 µM uzunluğa ve 0,5 µM ene sahiptirler. Enerjiyi, hücrenin sitoplazmasındaki besin maddelerinden ve oksijenden sağlamaktadırlar. Oksidatif fosforilasyonun merkezidir. Mitokondri’nin yapısını incelediğimizde çift katlı iç ve dış membranı, zarlar arası boşluk, DNA, matrixler, ribozomlardan ve kristalardan oluşmaktadır. Bir hücre içerisinde yüzlerce, binlerce mitokondri bulunabilir ve şekil, büyüklük olarak farklılık göstermektedir. Birkaç yüz mikron çapında küresel yapıda ya da birkaç mikron çapında ipliksi görünümde olabilmektedirler. Bütün mitokondri’lerin içerisinde 2-10 arasında değişen mitokondriyal DNA bulunmaktadır. Fakat bu değişkenlik türden türe, kişiye, dokuya göre değişmektedir. İnsanlarda 16 kb, bitkilerde ise 5
Devamı

Soy Ağaçları

Resim
  Doğa Bahçeci - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Doğu Akdeniz Üniversitesi, Kıbrıs Tanımı               Soy ağaçları biyolojide belirli semboller ile aile geçmişini anlatan diyagramlardır. Bir soyağacı, aile üyeleri arasındaki ilişkileri gösterir ve bir aile içinde hangi bireylerin belirli genetik patojenik varyantlara, özelliklere ve hastalıklara sahip olduğunu ve ayrıca yaşamsal durumu gösterir. Bir aile içindeki hastalık kalıtım kalıplarını belirlemek için bir soyağacı kullanılabilir [1].               Bir özelliğin kalıtsal olup olmadığını belirlemek için genellikle en az üç nesil soy ağacına dahil edilir. Bu bilgiyi kullanarak, belirli bir bireyin bu özelliğe sahip olma veya çocuklarına aktarma şansını söyleyebiliriz. Bir soyağacına bakıp anlayabilmemiz için soyağacı çizmenin standart yolları vardır [2].   Soy Ağacı İsimlendirmesi Şekil 1: Soy Ağacı Sembolleri [1].   Soy ağaçlarında erkekleri temsil etmek için kareler ve kadınları temsil etmek için daireler
Devamı

JAK-STAT Sinyal Yolağı

Resim
 JAK-STAT sinyal yolu, bir hücredeki proteinler arasındaki bir etkileşimler zinciridir ve bağışıklık, hücre bölünmesi, hücre ölümü ve tümör oluşumu gibi süreçlerde yer alır. Yol, bir hücrenin dışındaki kimyasal sinyallerden hücre çekirdeğine bilgi iletir, bu da transkripsiyon adı verilen bir süreç yoluyla genlerin aktivasyonu ile sonuçlanır. JAK-STAT sinyallemesinin üç anahtar parçası vardır: Janus kinazlar (JAK'ler), sinyal dönüştürücü ve transkripsiyon proteinlerinin (STAT'ler) aktivatörü ve reseptörler (kimyasal sinyalleri bağlayan). Bozulmuş JAK-STAT sinyali, cilt rahatsızlıkları, kanserler ve bağışıklık sistemini etkileyen bozukluklar gibi çeşitli hastalıklara yol açabilir. JAK'ların ve STAT'lerin Yapısı Dört JAK proteini vardır: JAK1, JAK2, JAK3 ve TYK2.[1] JAK'lar bir FERM alanı (yaklaşık 400 kalıntı), SH2 ile ilgili bir alan (yaklaşık 100 kalıntı), bir kinaz alanı (yaklaşık 250 kalıntı) ve bir psödokinaz alanı (yaklaşık 300 kalıntı) içerir. Kinaz alanı, JAK&
Devamı