Loading

RNA ÇALIŞMAK İÇİN TEKNİKLER

 DNA moleküllerini çalışmak içintasarlanan tekniklerin bir çoğu RNA ile kullanmak için uyarlanabilmektedir. RNA' nın agaroz jel elektroforezi her bir molekülün göç hızının tamamıyla uzunluğuna bağlı olması için RNA' nın denatürasyonundan sonra yapılır ve pek çok RNA' da oluşan molekül içi baz eşleşmelerinden etkilenmez. Denatüre edici genellikle formaldehit veya glioksal jele yüklenmeden önce örneğe eklenmektedir. 

Northern Hibritleme

Bir RNA jelinin naylon bir membrana blotladığı ve işaretli bir pprobla hibritlendiği işlem ifade eder. Bu Southern hibritlemeyle aynıdır ve benzer bir yolla yapılır. 

İşaretli RNA Molekülleri 

Genellikle işaretli bir ribonükleotit varlığında bir DNA kalıbının RNA' ya kopyalanmasıyla hazırlanmaktadır. SP6, T3 veya T7 bakteriyofajlarının RNA polimeraz enzimleri kullanılır, çünkü bunlar 30 dakika 1mikrogram DNA'dan 30 mikrogram işaretli olarak üretilmektedir.  RNA' nın ayrıca saflaştırılmış poli(A) polimeraz muamelesiyle de ucu işaretlenebilmektedir. RNA moleküllerinin PCR'ı normal reaksiyonun ilk basamağında  bir modifikasyon yapılması gerektirir. Taq polimeraz bir RNA molekülünü kopyalamadığından,  ilk basamak RNA kaalıbının bir DNA kopyasını yapan revers transkriptazla katalizlenmesidir. Bu teknik revers transkriptaz - PCR veya RT-PCR olarak adlandırılır. RNA ve DNA kalıplarının her ikisinin DNA kopyalarını yapan ısıya dayanıklı enzimlerin keşfi sadece bir enzimle tek bir reaksiyonda RT-PCR' ın gerçekleştirilmesi mümkün kılmıştır. 


                                                  Şekil 1: Covid-19 testi. RT-PCR aşamaları [1]

RNA Dizileme Metotları

RNA dizileme metotları mevcuttur fakat uygulaması zordur. Sadece küçük moleküllere uygulanabilmektedir. Metotlar DNA' nın kimyasal yıkılım dizilemesine benzerdir. fakat kesilmiş molekülleri oluşturmak için kimyasallardan ziyade diziye özgü endonükleazları kullanılmaktadır. Pratikte, bir RNA molekülünün dizisi genellikle cDNA' ya dönüştürülerek ve zincir sonlanma metoduyla elde edilmektedir. DNA dizileri üzerine RNA moleküllerinin konumlarını haritalamak için özelleşmiş metotlar geliştirilmiştir. RNA ile ilgili araçlardaki tek önemli eksiklik  DNA manipülasyonlarında çok önemli olan restriksiyon endonükleazların  gösterdiği dizi özgüllüğünün derecesine sahip enzimlerin yokluğudur. Bundan başka, RNA ile çalışmanın tek dezavantajı  RNA'ların hücreler parçalandığında serbest kalan ve de laboratuvar çalışanlarının elleri üzerinde  bulunan ve cam malzeme  ve çözeltilere  bulaşma meyili olan ribonükleazlarca yıkılmasının kolay olmasıdır. Bu, RNA moleküllerinin uygulanması gerektiği anlamına gelmektedir. 

Kaynak

1. https://images.app.goo.gl/qpN9mcSAZDBtVxiD6

Yorumlar

Yorum Gönder

ΔΔCt Hesaplama

ΔΔCt Hesaplama











ΔΔCt Sonucu:

Bu blogdaki popüler yayınlar

MİTOKONDRİ’NİN GENOMU ve GÖREVLERİ

Resim
 Rabia YALÇIN  - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Haliç Üniversitesi Mitokondri, tüm ökaryot hücrelerde yer alan ve hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonlar için gerekli enerjiyi sağlayan, sitoplazmada bulunan bir organeldir. Mitokondriler oval görünümlü, yaklaşık 1 µM uzunluğa ve 0,5 µM ene sahiptirler. Enerjiyi, hücrenin sitoplazmasındaki besin maddelerinden ve oksijenden sağlamaktadırlar. Oksidatif fosforilasyonun merkezidir. Mitokondri’nin yapısını incelediğimizde çift katlı iç ve dış membranı, zarlar arası boşluk, DNA, matrixler, ribozomlardan ve kristalardan oluşmaktadır. Bir hücre içerisinde yüzlerce, binlerce mitokondri bulunabilir ve şekil, büyüklük olarak farklılık göstermektedir. Birkaç yüz mikron çapında küresel yapıda ya da birkaç mikron çapında ipliksi görünümde olabilmektedirler. Bütün mitokondri’lerin içerisinde 2-10 arasında değişen mitokondriyal DNA bulunmaktadır. Fakat bu değişkenlik türden türe, kişiye, dokuya göre değişmektedir. İnsanlarda 16 kb, bitkilerde ise 5
Devamı

Soy Ağaçları

Resim
  Doğa Bahçeci - Moleküler Biyoloji ve Genetik,  Doğu Akdeniz Üniversitesi, Kıbrıs Tanımı               Soy ağaçları biyolojide belirli semboller ile aile geçmişini anlatan diyagramlardır. Bir soyağacı, aile üyeleri arasındaki ilişkileri gösterir ve bir aile içinde hangi bireylerin belirli genetik patojenik varyantlara, özelliklere ve hastalıklara sahip olduğunu ve ayrıca yaşamsal durumu gösterir. Bir aile içindeki hastalık kalıtım kalıplarını belirlemek için bir soyağacı kullanılabilir [1].               Bir özelliğin kalıtsal olup olmadığını belirlemek için genellikle en az üç nesil soy ağacına dahil edilir. Bu bilgiyi kullanarak, belirli bir bireyin bu özelliğe sahip olma veya çocuklarına aktarma şansını söyleyebiliriz. Bir soyağacına bakıp anlayabilmemiz için soyağacı çizmenin standart yolları vardır [2].   Soy Ağacı İsimlendirmesi Şekil 1: Soy Ağacı Sembolleri [1].   Soy ağaçlarında erkekleri temsil etmek için kareler ve kadınları temsil etmek için daireler
Devamı

JAK-STAT Sinyal Yolağı

Resim
 JAK-STAT sinyal yolu, bir hücredeki proteinler arasındaki bir etkileşimler zinciridir ve bağışıklık, hücre bölünmesi, hücre ölümü ve tümör oluşumu gibi süreçlerde yer alır. Yol, bir hücrenin dışındaki kimyasal sinyallerden hücre çekirdeğine bilgi iletir, bu da transkripsiyon adı verilen bir süreç yoluyla genlerin aktivasyonu ile sonuçlanır. JAK-STAT sinyallemesinin üç anahtar parçası vardır: Janus kinazlar (JAK'ler), sinyal dönüştürücü ve transkripsiyon proteinlerinin (STAT'ler) aktivatörü ve reseptörler (kimyasal sinyalleri bağlayan). Bozulmuş JAK-STAT sinyali, cilt rahatsızlıkları, kanserler ve bağışıklık sistemini etkileyen bozukluklar gibi çeşitli hastalıklara yol açabilir. JAK'ların ve STAT'lerin Yapısı Dört JAK proteini vardır: JAK1, JAK2, JAK3 ve TYK2.[1] JAK'lar bir FERM alanı (yaklaşık 400 kalıntı), SH2 ile ilgili bir alan (yaklaşık 100 kalıntı), bir kinaz alanı (yaklaşık 250 kalıntı) ve bir psödokinaz alanı (yaklaşık 300 kalıntı) içerir. Kinaz alanı, JAK&
Devamı