ENCODE PROJESİ

2012 yılında, Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü tarafından desteklenen bir araştırma programı olan ENCODE projesi, insan genomunun kodlamayan DNA dizilerinin %76'sının kopyalandığını ve genomun neredeyse yarısının bir şekilde genetik transkripsiyon faktörleri gibi düzenleyici proteinler tarafından erişilebilir olduğunu bildirdi. Bununla birlikte, ENCODE'un insan genomunun %80'inden fazlasının biyokimyasal olarak işlevsel olduğu önerisi, ne genom bölümlerinin transkripsiyon faktörlerine erişilebilirliğinin ne de onların transkripsiyonunun bu bölümlerin biyokimyasal işleve sahip olduğunu ve bunların transkripsiyon seçici olarak avantajlıdır. Sonuçta, transkripsiyon faktörlerinin tipik olarak tüm genom üzerinde (rastgele) bulunan kısa dizilere bağlandığı göz önüne alındığında, genomun işlevsel olmayan bölümleri kopyalanabilir.

Ayrıca ENCODE'dan önceki çok daha düşük işlevsellik tahminleri, memeli soyları boyunca genomik koruma tahminlerine dayanıyordu. İnsan genomundaki yaygın transkripsiyon ve ekleme, zayıf korunmuş fonksiyonel dizileri kaçırabilen genomik korumaya ek olarak genetik fonksiyonun başka bir göstergesi olarak tartışılmıştır. Ayrıca, görünen hurda DNA'nın çoğu epigenetik düzenlemede yer alır ve karmaşık organizmaların gelişimi için gerekli görünmektedir. Genetik yaklaşımlar, organizma üzerinde fiziksel olarak tezahür etmeyen fonksiyonel unsurları gözden kaçırabilir, evrimsel yaklaşımlar, yakından ilişkili türlerin genomları bile önemli ölçüde değiştiğinden, doğru çoklu tür dizi hizalamalarını kullanmakta zorluk çeker ve biyokimyasal yaklaşımlarda, yüksek tekrarlanabilirliğe sahip olsa da, biyokimyasal imzalar her zaman aynı değildir. 

Otomatik olarak bir işlevi belirtir. Kellis ve ark., transkripsiyon kapsamının %70'inin hücre başına 1 transkriptten az olduğuna (ve bu nedenle sahte arka plan transkripsiyonuna dayanabileceğine) dikkat çekti. Öte yandan, insan DNA'sının %12-15'lik kısmının fonksiyonel kısıtlama altında olabileceğini ve soy-spesifik kısıtlamalar dahil edildiğinde hala eksik bir tahmin olabileceğini savundular. Nihayetinde genetik, evrimsel ve biyokimyasal yaklaşımların tümü, insan biyolojisi ve hastalığında işlevsel olabilecek bölgeleri tanımlamak için tamamlayıcı bir şekilde kullanılabilir. Bazı eleştirmenler, işlevselliğin yalnızca uygun bir boş hipoteze atıfta bulunarak değerlendirilebileceğini savundu. Bu durumda, boş hipotez, genomun bu bölümlerinin işlevsel olmadığı ve ister koruma ister biyokimyasal aktivite temelinde olsun, genel moleküler evrim anlayışımıza dayalı olarak bu tür bölgelerden beklenen özelliklere sahip olduğu olacaktır. Bu eleştirilere göre, söz konusu bölgenin sıfır hipotezinden beklenenin ötesinde ek özelliklere sahip olduğu gösterilene kadar, geçici olarak işlevsel olmayan olarak etiketlenmelidir.