Metabolom, tek bir organizma gibi biyolojik bir numune içinde bulunacak küçük moleküllü (<1.5 kDa) metabolitlerin (metabolik ara ürünler, hormonlar ve diğer sinyal molekülleri ve ikincil metabolitler gibi) tam setini ifade eder.  Kelime, transkriptomik ve proteomik ile analoji içinde türetilmiştir; Transkriptome ve proteom gibi, metabolom da dinamiktir, saniyeden saniyeye değişir. Metabolom kolayca tanımlanabilse de, şu anda tüm metabolit aralığını tek bir analitik yöntemle analiz etmek mümkün değildir. Tandem kütle spektrometrisi deneylerinden parçalanma verilerini aramak için ilk metabolit veri tabanı (METLIN olarak adlandırılır), 2005 yılında The Scripps Araştırma Enstitüsü'ndeki Siuzdak laboratuvarı tarafından geliştirilmiştir. METLIN, her biri deneysel tandem kütle spektrometrisi verilerine sahip olan 450.000'den fazla metabolit ve diğer kimyasal varlıkları içerir. 2006 yılında, Siuzdak laboratuvarı ayrıca kütle spektrometrisi metabolomik verilerinin doğrusal olmayan